Ekstrakurikuler atau Ekskul ini adalah salah satu kegiatan atau aktivitas tambahan yang dilakukan di luar jam pelajaran yang dilakukan baik di sekolah atau di luar sekolah itu dengan tujuan untuk bisa mendapatkan tambahan pengetahuan, keterampilan serta wawasan dan juga membantu di dalam membentuk karakter peserta didik itu sesuai dengan minat serta bakat tiap-tiap individu.
Kegiatan Ekstrakurikuler yang terdapat SMA Negeri 3 Nabire antara lain:
- Pramuka
- Palang Merah Remaja (PMR)
- Paskibra
- Paduan Suara
- Drumband
- Coding
- Green House Club
- Basket
- Pencak Silat
- Karate